Mal etwas anderes... Die gute Tat

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tretmine
Inventar

#1 erstellt: 21. Sep 2005, 00:23

Servus!

(@Mods... Hoffe es fällt nicht unter "Werbung". Sonst einfach den Thread löschen. Aber denke zumindest nicht, da es ja kein Produkt ist, welches umworben wird und der (ehemalige, leider verlotterte) Sinn des www eher im Vordergrund steht. Auch ist es ja eine gute Tat...)

Ich wollte mal hier kurz das worldcommunitygrid vorstellen.

Wäre sehr nett, wenn ihr euch das durchlesen würdet. Ist auch btw. relativ interessant...

Für alle die noch Seti@Home kennen: Das selbe nur mit medizinischem Bezug.

Was ist WorldcommunityGrid?

Der Wissenschaft bzw. der Medizin stehen leider mit der derzeitigen Rechnerleistung noch nicht die nötige Kapazität um langwierige Berechnungen durchzuführen. Selbst die schnellsten Rechner der Welt brauchen hierfür Jahre oder Jahrzehnte.
Dies ist aber für die Medizin zu langsam. Deshalb gibt es die Idee, dass man sich über das Internet zusammenschließt und die freie Rechnerkapazität nutzt.
Bisher machen das ca. 90.000 Computer, welche an ein und dem selben Projekt forschen. (nur worldcommunitygrid.org betrachtet)

In der Vergangenheit forschte man hier für die Krebsforschung. Dieses wurde aber zeitweise wieder eingestellt und man nahm kurzerhand die Suche nach einem passenden Molekül für das Smallpox-Virus-Protein. Zur Erklärung: Das ist ein Pockenvirus, welcher als biologische Waffe eingesetzt wird.
Hierzu untersuchten die Mediziner 35 Millionen Moleküle. Und man schaffte es eine jahrzehntelange Suche auf ein paar Wochen zu verkürzen. Mit vollem Erfolg. 44 Stoffe wurden gefunden...
Zur Zeit werden die menschlichen Proteine, also die Bausteine unseres Lebens, erforscht. Man verspricht sich hiervon neue Verfahren zur Heilung oder Minderung von Krebs, HIV/AIDS, SARS und Malaria.

Was muss ich machen?

Gehe auf

http://www.worldcommunitygrid.org -> download now

Das Programm ist einfach und selbsterklärend.
Fragen hierzu aber könnt ihr ja auch hier stellen, wenn etwas nicht klappen sollte.

Wie sieht es mit meiner Rechnerleistung aus?

Jeder frägt sich natürlich, ob dann nicht Windows ständig hängt, nur weil das Programm im Hintergrund alles frisst. Nein, das wird nicht geschehen. Selbst ich mit meinem 1,5 GHz und 128 MB SDRAM (ja, so alte Teile gibts noch ^^ ) merke nichts davon.
Ihr könnt das Teil aber auch so einstellen, dass er nur rechnet, wenn euer Bildschirmschoner anspringt.

Muss ich dauerhaft mit dem Internet verbunden sein?

Nein. Das Programm läd einmal kurz die "Aufgabe". Danach rechnet er für ein paar Stunden. Erst dann schickt es wieder die Lösung an das Netzwerk. Bedeutet: Ihr merkt auch hier nichts davon...

Was schön ist: Ihr seht in einem Fenster die derzeitige Aktivität und animiert das zu erforschende Protein.

Weiter habe ich im Grid ein Team erstellt. Es heißt "Hifi-Forum". Tretet diesem dann bitte bei. Solltet ihr Probleme hiermit haben und es nicht gleich auf eurem Profil finden, dann könnt ihr ja hier kurz nachfragen.

Vielen Dank euch. Nun könnt ihr, während ihr etwas im Forum postet, auch etwas gemeinnütziges für die Medizin machen. Ist doch ein guter Gedanke...

MfG Phil, der hofft, dass ein paar Leute beitreten.

P.S.:

Was es auch noch gibt:

http://folding.stanford.edu/ - 160.000 User
Erforscht derzeit auch menschliche Proteine aber aus dem Gesichtspunkt "Warum funktioniert das"

http://grid.org - 1.300.000 User
Läuft parallel mit woldcommunitygrid.org. Nach dem "Human Proteome Folding"-Projekt werden beide Systeme jedoch eigene Wege gehen und sich splitten.

http://www.boincsynergy.com/stats/index.php - insg. ca. 360.000 User
Verschiedenste Untersuchungen wie Seti@Home (Außerirdisches Leben) Oder Einstein@Home (Pulsar-Sterne)

[Beitrag von tretmine am 21. Sep 2005, 01:27 bearbeitet]

CarHifi-Freak
Stammgast

#2 erstellt: 21. Sep 2005, 17:46

Ok werde es instalieren und auch laufen lassen, der pc is sowieso den ganzen tag an, und da macht 1 programm im hintergrund nichts aus

Finde es aber ne sehr gute idee von dir, das du darauf aufmerksam machst, und dich scheinbar fuer sowas intressierst.

gruss Jens

chilman
Inventar

#3 erstellt: 25. Sep 2005, 20:52

naja ob das nix ausmacht bezweifel ich mal...denn wenn der rechner nicht genutzt wird (also auch z.B.txt-verarbeitung...) klaut sich das proogramm dann denke ich die meiste/gesamte cpu-leistung, das is nicht weiter schlimm, aaaaber: wenn die cpu mehr belastet wird verbracuht sie auch mehr strom.
d.h. unter umständen könnte die strom-rechnung höher werden, und , wenn du einen rechner mit temp.-abhängiger-lüfterregelung hast, wird evt. der rechner lauter->geht dir auf den nerv...
ich find aber trotzdem, dass das eine gute sache ist, ich würd auch mitmachen, wenn ich eine gescheite i-net-anbindung hätte.
ich kenn übrigens auch noch seti@home, da werden radio-teleskop-daten auf besondere signale hin ausgewertet.
die seite fällt mir jetzt nicht ein, aber soweit ich weiss wird das unter [url]www.meisterkuehler.de[url] etwas genauer beschrieben..

[Beitrag von chilman am 25. Sep 2005, 20:53 bearbeitet]

achim81
Stammgast

#4 erstellt: 25. Sep 2005, 23:25

Also ich habe das World Community Grid Zeug UND Seti@home laufen. Ich habe in den letzten Tagen mal meinen Laptop richtig "gestresst" und ihn 24/24 h angelassen. DAS kesselt! Wollte mal sehen, was passiert wenn man das Ding Vollgas bis zum Anschlag (und das auf Dauer) fährt.

Zur CPU-Belastung: enorm! 100%! Der Kühler läuft auf Hochtouren und mit Batteriebetrieb ist nicht lange was. Naja - ich werde mal die Belastung wieder normalisieren und ihm eine Pause gönnen.

Aber es ist irgendwie aufregend, "mitzuforschen"...

chilman
Inventar

#5 erstellt: 26. Sep 2005, 14:20

hmmm bei notebooks wäre ich vorsichtig mit 100%belastung bei 24/7.
denn die sind eigentlich nicht für dauerbetrieb konzipiert.
in em engen gehäuse kann es schnell mal sehr warm werden.gerade die elkos leiden darunter.ein kumpel von mir hat mal nen notebook auf ner lan genutzt.alle 3 oder 4stunden hatte er nen bluescreen

und auch bei desktop rechnern wäre ich vorsichtig.
ich hab schon von angekokelten mainboards gehört...
aber nicht dass ihr denkt ich will euch das schlecht reden, ich finde das selber sehr spannend und wie gesagt, wenn ich ne andere i-net anbindung hätte würde ich da auich mitmachen...

CarHifi-Freak
Stammgast

#6 erstellt: 26. Sep 2005, 15:19

hm das programm benoetigt nur internet wenn es sich eine neue aufgabe holt, und die ergebnisse hochlaed. das ist so in der regel ale 4 bis 6 stunden je nach rechner leistung..

achja und selbst beim zocken stoert es im hintergrund nicht m geringsten ^^

tretmine
Inventar

#7 erstellt: 26. Sep 2005, 17:57

Für Leute die Angst haben, dass ihre Performance darunter leidet:

Dem ist nicht so. 100% Prozessorauslastung hört sich zwar hart an, ist es aber nicht. Beim Programmieren kommt es auf ganz andere Dinge an. Prozesspriorität und Programmierweise ist hier entscheident.
Drücke ich ständig Fließkommazahlen, am besten Doubles, in den Speicher oder kann ich es doch auf eine ganze Zahl oder auf eine Boolean reduzieren? Benutze ich API-Funktionen? Drücke ich einen "Klotz" dem Prozessor hin oder gebe ich es in Häppchen? Wie viele Schleifen benutze ich? Welche Sprache benutze ich? Benutze ich Tricks? etc. etc.
Oder wie unterstütze ich die CPU-Architektur. Unterstütze ich die Hyper-Threading Technologie (HTT) oder forciere ich etwa unnötige Pipeline-Hazards?!?

Und IBM kann programmieren

Die Software ist gut und kein Prgramm stockt bei mir. Ein Grund, warum das Proggi bei guten Rechnern sogar im Hintergrund weiter laufen kann, wenn man spielt.
Dafür habe ich hier ein selbst geschriebenes Proggi meiner Anfangszeit, welches Primzahlen berechnet. Nur wenn dieses läuft, dann kann man nicht mal mehr die Maus bewegen...

MfG Phil

[Beitrag von tretmine am 26. Sep 2005, 18:18 bearbeitet]

edta1m
Stammgast

#8 erstellt: 01. Okt 2005, 20:50

*milde lächle*

das passende Molekül für das Smallpox-Virus-Protein

Passend und für? Wohl eher: inaktivierende/komplexierende etc. Molekül. Passend würde ich den Receptor/Andockstelle für dieses (anscheinend toxine) Molekül nennen.

Hierzu untersuchten die Mediziner 35 Millionen Moleküle. Und man schaffte es eine jahrzehntelange Suche auf ein paar Wochen zu verkürzen. Mit vollem Erfolg. 44 Stoffe wurden gefunden...

Was ist denn bitte das für ein Ansatz? 35 Mio Moleküle? Normalerweise wird halt von der bekannten Grundstruktur ausgehend ein räumlich ähnliches Molekül gesucht, dass dann mit z.B. Disulfidbrückenbindung spezifische Bindungen schafft und so dieses "böse" Molekül unschädlich macht. Was die da machen scheint mir eine gewaltige Resourcenverschwendung.

Zur Zeit werden die menschlichen Proteine, also die Bausteine unseres Lebens, erforscht.

Die Proteine (die Gesamtheit der exprimierten Proteine heißt dann "Proteom") sind nicht die Bausteine, sondern im Endeffekt die "ausführenden Organe" der DNS, die durch ihre Basen-Abfolge (4 Grundbausteine) die eigentlichen "Bausteine des Lebens" darstellt. Die DNS wird dann (reguliert) abgelesen und Proteine entsprechend hergestellt.

Für mich sieht das hier so aus, dass die, ausgehend von bekannter cDNA, mögliche Protein-Faltungen berechnen lassen - dass ist nett und liefert auch interessante Daten, die mögliche Erklärungen für die Wirkungsweise von Proteinen liefern können. Also eher eine Grundlagenforschung.

[edit]Achja, ich habe recht. Nichts anderes machen die:

The Human Proteome Folding project will provide scientists with data that predicts the shape of a very large number of human proteins. These predictions will give scientists the clues they need to identify the biological functions of individual proteins within the human body. With an understanding of how each protein affects human health, scientists can develop new cures for human diseases such as cancer, HIV/AIDS, SARS, and malaria.

[/edit]

Man verspricht sich hiervon neue Verfahren zur Heilung oder Minderung von Krebs, HIV/AIDS, SARS und Malaria.

Schön wärs. Leider bekomme ich aber kein "neues Verfahren" geliefert, höchstens (um mal beim Fall von cancerogenen Zellen zu bleiben) neue CDRs, aber wieso man für sowas weltweit PC-Leistung abzapfen muss? Das machen eigentlich normale Biochemiker etc. so als Hausaufgabe, dass sie ausgehend von der bekannten Oberflächenstruktur z.B. Antikörper modifizieren, um bessere Anbindung/Markierung etc. erreichen.

Alles in allem: Lasst euch gesagt sein, dass das zwar ganz nett ist, aber: wenn ein Wissenschaftler wirklich an der Struktur eines Proteins interessiert ist, kann er dieses eine auch ganz leicht am eigenen PC ein paar mal rechnen lassen, und wird sicher eine guteVorstellung bekommen. Problem bei diesen Berechnungen sind sog. lokale Minima, d.h. ein Molekül mag stabil erscheinen, ob es dann aber tatsächlich wirklich solch eine Faltung aufweist, ist nicht zu 100% garantiert. In diesem Fall wird (wenn möglich) das Protein kristallisiert und per Röntgenanalyse auf Struktur hin untersucht.

Lass euch nicht entmutigen, aber... ich glaub nicht, dass es was bringt, wenn ihr eure Rechner für sowas laufen lasst. Die gute Absicht aber mal in allen Ehren!

[Beitrag von edta1m am 01. Okt 2005, 21:00 bearbeitet]

tretmine
Inventar

#9 erstellt: 11. Okt 2005, 12:18

Du scheinst ja echt die Weisheit mit Löffeln gegessen zu haben.

Ich will hier weder eine medizinische Abhandlung noch eine Doktorarbeit schreiben.
Komisch ist es aber schon, dass man IBM & Co beauftragt solche Software zu schreiben (wir haben selber in unserer Gesellschaft individuelle IBM-Software und ich kann mir denken, wie hoch die einmaligen und laufenden Kosten hierfür sind), eine Internetpräsenz aufbaut und die weiteren logistischen und technischen Resourcen zur Verfügung stellt. Nun kommt die Preisfrage: Ist ein Mensch schlauer als alle anderen, welche hinter dem Prozess stehen oder macht das ganze etwa doch Sinn?!?

*omg*

Ich kann ja verstehen, dass du eine medizinische Fachkompetenz hast. Doch solltest du niemals versuchen zu meinen, dass du der einzigste wärst und alle anderen dumm seien, wobei ich mich hier nicht mit inbegriffen fühle.

MfG Phil

edta1m
Stammgast

#10 erstellt: 11. Okt 2005, 13:49

Du scheinst ja echt die Weisheit mit Löffeln gegessen zu haben.

Nana, wer wird denn gleich so boese sein!?

Ich kann ja verstehen, dass du eine medizinische Fachkompetenz hast. Doch solltest du niemals versuchen zu meinen, dass du der einzigste wärst und alle anderen dumm seien, wobei ich mich hier nicht mit inbegriffen fühle.

Ich kann dir leider hier nicht schreiben, was meine Kollegen am Institut von der Sache halten, nur meine Meinung (die komischerweise nicht von denen der Kollegen abweicht) Insofern: Ja, du hast recht, wir haben durchaus Fachkompetenz, wissen auch so weit bescheid, dass wir (hier in diesem Fall ich als Antwortgeber auf diesen Thread) uns erlauben koennen, unsere Meinung/Einschaetzung zu diesem Thema kund zu tun.
Mit Ueberheblichkeit, die du mir hier unterstellen willst, hat das nichts zu tun.
Desweiteren: Hast DU die Ausbildung/Fachkompetenz MEINE Aussagen zu widerlegen ohne den Verweis, dass es offensichtlich Wissenschaftler gibt

http://www.worldcommunitygrid.org/about_us/advisory_board.html, die sich viel hiervon erhoffen? (Abgesehen davon, dass wohl die meisten Wissenschaftler meinen Ausfuehrungen zustimmen wuerden)

Zu deiner gestellten Frage mit der Finanzierung: Noch nie was von Werbung gehoert? Bzw. das Sponsor-Firmen dies vor Steuer abschreiben koennen etc.?? Wirf mal einen blick hier hin, dann weist du, wo das Geld herkommt.

http://www.worldcommunitygrid.org/about_us/our_partners.html

Nochmal: Von mir aus koennt ihr eure Rechner ja den ganzen Tag auf Vollast laufen lassen.
Und sollte wider Erwarten was aus dem Programm Erfolg haben: Super fuer die Welt.
Allerdings bleibe ich bei meinen festgestellten Tatsachen und Meinungen. Das hier verbratenen Geld/Aufwand koennte man meiner Meinung nach sehr viel besser und effektiver einsetzen. Aber sobald die Oeffentlichkeit so wie hier auf was aufmerksam gemacht/"eingebunden" wird, faellts halt den Sponsoren leichter, Geld zu geben.